Ospitato nell'antico convento dei Giacobini, il museo, creato nel 1793, è stato interamente rinnovato e ripensato nel 2018-2019 per presentare collezioni locali, ma anche e soprattutto, quelle d'America centrale e meridionale che lo hanno reso noto. Custodisce la seconda collezione di arte precolombiana di Francia per importanza, dopo quella del quai Branly-Jacques Chirac, ed espone un panorama completo delle civiltà preispaniche del Perù, dell'Ecuador, dell'America centrale e del Messico fino alla conquista spagnola.