Il Museo histórico regional presenta lo sviluppo di Cuzco dall'epoca preistorica fino al regno del Viceré, passando per i periodi preincaico e inca. Molto interessanti le collezioni di dipinti della scuola di Cuzco presentate nelle gallerie situate al primo piano: si noti in particolar modo una serie di ritratti del figliol prodigo di Diego Quispe Tito, tele di Juan Espinoza de Los Monteros, dipinti in stile barocco meticcio di Marcos Zapata.