Questa chiesa fu edificata nella parte superiore della città nel XIII sec., ma fu fortemente rimaneggiata nel XVIII secolo e soprattutto nel XIX. All'interno la tomba gotica della santa è sormontata da cuspidi dal disegno molto originale, mentre il suo corpo è esposto nell'altar maggiore. Il piazzale offre una vista panoramica sulla città, la valle sottostante e sul lago Trasimeno. Sulla via S. Margherita, via crucis in mosaico di Severini.