La costruzione a forma di fulmine di Daniel Libeskind, con i suoi spazi vuoti, simboleggia l'annientamento della cultura ebreo-tedesca. La mostra permanente traccia la storia degli ebrei tedeschi, focalizzandosi sul ruolo che essi ebbero nello sviluppo di Berlino dal XVIII al XX sec. Uno dei temi centrali del museo è quello della Shoah.