La basilica, del XVI sec., avvolge la Porziuncula, costruita attorno all'anno Mille: S. Francesco vi consacrò Chiara sposa di Cristo. Nella cappella vicina al transetto, morì il 3 ottobre 1226. Oltre ai magnifici affreschi dedicati ai Francescani e al polittico in terracotta smaltata di Andrea della Robbia, potrete vedere il roseto in cui il Santo si gettò per sfuggire alla tentazione, la grotta dove pregava ed una statua del Santo dove le colombe erano solite posarsi.